Após ser fundado no dia 29 de janeiro de 2001, para disputar a Série B3 do Campeonato Paulista, o Prudente Futebol Clube teve que mudar de nome para Prudentino Futebol Clube.

Tudo porque na cidade existe uma equipe de futebol com o nome de Presidente Prudente FC, inclusive com o nome registrado no INPI, órgão responsável pelo controle de marcas e patentes no Brasil. O presidente do Presidente Prudente FC, Roque Grosso, disse que se o Prudente FC fosse inscrito na B3 com este nome ele ingressaria na justiça para resguardar seu direitos.

Diante do impasse e para não polemizar, o presidente do Prudente F.C., Julio Omar Rodrigues, propôs que a imprensa da cidade realizasse uma enquete com torcedores para saber a opinião dos mesmos para um novo nome para o Prudente FC. Após a realização desta enquete foi escolhido o nome Prudentino Futebol Clube